PENGARUH Abdullah Sungkar dan Abu Bakar B’asyir yang besar dalam gerakan NII, menjadi faktor mengapa rezim Soeharto memburu mereka. Menyusul penangkapan mereka pada pada tahun 1978, seperti dipaparkan Dr Noorhaidi Hasan, beberapa aksi kekerasan yang dilakukan unsur-unsur NII meletus, di antaranya yang dikenal sebagai Teror Warman. Apakah kini, saat Abu Bakar Ba’asyir ditangkap dan diadili, NII juga bisa dihubungkan dengan meningkatnya pelbagai aksi teror bom belakangan ini? Di dalam persidangan pekan ini, Ba’asyir menampik hubungan dirinya dengan aksi-aksi teror itu. Ia juga sempat mengomentari bahwa bom diri di Masjid Kompleks Mapolresta Cirebon sebagai perbuatan orang gila.
Pada penghujung 1970-an dan awal 1980-an, menurut catatan Dr Petrus R. Golose, terjadi sejumlah aksi terorisme, dikaitkan dengan suatu kelompok yang dikenal sebagai Komando Jihad. Dua pimpinan Komando Jihad berhasil ditangkap, yakni Haji Ismail Pranoto alias Hispran dan Haji Danu Mohammad Hasan. Keduanya adalah orang dekat SM Kartosoewirjo. Pada tahun 1983, Haji Danu mengungkapkan pengakuan di depan pengadilan bahwa ia direkrut oleh Bakin (Badan Koordinasi Intelejen). Sementara Jaksa mengemukakan bahwa antara 1970 dan 1977, Haji Danu beserta tujuh orang lainnya telah membentuk struktur administratif yang paralel dengan Darul Islam. Haji Danu akhirnya dijatuhi hukuman penjara. Dalam pada itu, Haji Ismail, yang adalah salah seorang Komandan Tentara Islam Indonesia (TII) di masa Kartosoewirjo, lebih dulu ditangkap pada 8 Januari 1977 dan diadili September 1978 dengan tuduhan berupaya membentuk kembali Darul Islam sejak tahun 1970 untuk menggulingkan pemerintah. Hispran dihukum penjara seumur hidup dan meninggal dalam penjara 1995.

Komando Jihad di bawah pimpinan Warman melakukan aksi pertamanya di bulan Januari 1979 dengan membunuh Parmanto MA, Rektor Universitas Sebelas Maret, Solo. Menurut dokumen pengadilan, korban dibunuh lantaran membeberkan eksistensi Jamaah Islamiyah kepada kalangan penguasa, dan karena itu bertanggungjawab atas penangkapan Abdullah Sungkar dan Abu Bakar Ba’asyir. Komando Jihad juga melakukan berbagai aksi terorisme antara lain peristiwa pembajakan pesawat Garuda DC 9 Woyla di tahun 1981 dan Bom Borobudur di tahun 1985. Peristiwa Woyla menarik perhatian khusus, karena ia sempat dikaitkan dengan suatu rekayasa intelejen.
Menurut kisah belakang layar, para Komando Jihad itu disusupi operasi intelejen di bawah arahan Letnan Jenderal Benny Moerdani untuk suatu penciptaan situasi politik untuk kepentingan tertentu, lalu dibasmi tatkala mendarat di Bandara Don Muang Bangkok. Komandan suatu satuan Pasukan Khusus Anti Teror yang menyerbu, Letnan Kolonel Sintong Pandjaitan, pun agaknya tidak mengetahui adanya operasi intelejen di balik peristiwa itu. Dalam operasi pembebasan Woyla, ia kehilangan seorang anak buah, Peltu Ahmad Kirang. Bersama perwira itu, juga tewas Captain Pilot Garuda, Herman Rante. Sementara itu lima pembajak, Mahrizal, Abu Sofyan, Abdullah Mulyono, Wendi Mohammad Zein dan Zulfikar, tewas seluruhnya.
Salah satu daerah yang turut serta dalam upaya itu, adalah Sulawesi Selatan, yang dulu merupakan salah satu daerah basis DI/TII di bawah Kahar Muzakkar. Adalah menarik bahwa salah satu putera Kahar Muzakkar menjadi pendukung gerakan perjuangan syariat Islam di Sulawesi Selatan ini. Keikutsertaan Kahar Muzakkar sendiri dalam DI/TII pada awalnya tidaklah bertitiktolak pada suatu cita-cita mendirikan Negara Islam Indonesia. Bahkan pada awal perlawanannya terhadap pemerintah pusat, karena suatu kekecewaan pribadi akibat janji yang tidak ditepati, Kahar sempat menghadapi pilihan ideologis bagi perjuangannya, apakah memakai komunisme sebagai pilihan pertama atau ideologi Islam sebagai pilihan kedua. Kahar adalah tokoh yang semasa perjuangan gerilya melawan tentara pendudukan Belanda 1945-1949 di pulau Jawa, mempunyai kedekatan dengan beberapa perwira yang ‘berhaluan’ komunis. Bagi teman-teman perwiranya itu, Kahar potensil untuk diajak ‘berjuang’ karena memiliki dan meyakini tema keadilan sosial sebagai dasar perjuangan yang kuat. Selain itu, Kahar Muzakkar pernah bertugas di bawah komando dua perwira yang dikenal berideologi komunis.
Untuk beberapa lama, sebelum pada akhirnya menyatakan diri bergabung dengan DI/TII dan menjadikan Sulawesi Selatan sebagai bagian NII-nya SM Kartosoewirjo, Kahar Muzakkar tergambarkan memiliki ketertarikan kepada komunisme sebagai dasar perjuangan. Bahkan, menurut Barbara Sillars Harvey –dalam bukunya “Pemberontakan Kahar Muzakkar”– ada kecenderungan kuat Kahar menggunakan komunisme sebagai ideologi perjuangannya. Seorang mantan perwira TNI yang terlibat dalam Pemberontakan Madiun 1948, ex Mayor Kadarisman dengan nama samaran Pitojo datang dari Jawa bersama kurir Kahar Muzakkar dan beberapa lama bergerak di Sulawesi Selatan untuk kepentingan Kahar. Bersamaan dengan itu didatangkan pula seorang kader komunis lainnya bernama Jusuf Karnain untuk tugas ganda, membantu Kahar sekaligus untuk kepentingan CC (Comite Central) PKI. Akan tetapi, sejumlah rekan bersenjatanya yang menjadi pengikutnya, terutama Bahar Mattalioe, dengan tegas mengingatkan bahwa Kahar akan kehilangan dukungan di Sulawesi Selatan bilamana memilih komunisme sebagai dasar perjuangan. Kahar juga memperhitungkan faktor bangsawan Sulawesi Selatan yang kendati cukup setuju dengan tema keadilan sosial, dan tidak selalu menjalankan syariat Islam dengan cara yang sempurna –mirip gaya kaum Islam abangan di pulau Jawa– namun tidak menyukai komunisme.
Kahar Muzakkar akhirnya memilih bergabung dengan NII-nya Kartosoewirjo. Tatkala pada akhirnya ideologi Islam itu menjadi pilihan Kahar Muzakkar, dua kader PKI dari pulau Jawa, Kadarisman alias Pitojo dan Jusuf Karnain, diam-diam dieksekusi mati. Sebaliknya, dua perwira TKR yang menjadi pengikutnya, Osman Balo dan Usman Hamid, tak menyetujui pilihan pada ideologi Islam, meskipun juga tak tertarik pada ideologi komunis. Bersama pasukannya, keduanya meninggalkan Kahar dan bergerak terpisah. Selama beberapa tahun mereka berdua dan pasukannya menjadi satu di antara banyak beban keamanan yang harus dipikul rakyat Sulawesi Selatan. Pasukan Osman Balo adalah teror yang sungguh mencekam rakyat di wilayah gerakannya. Merampas nyawa, merampas harta benda dan menjadi sumber ketakutan mental tiada tara bagi mereka yang punya anak gadis atau isteri yang rupawan. Meskipun sama kejamnya, pasukan Kahar Muzakkar, masih bisa menahan diri karena menyandang nama Islam. Anggota DI/TII misalnya tak pernah melakukan perkosaan brutal terhadap perempuan, karena merupakan perbuatan zina. Mereka membatasi diri, dengan hanya ‘membawa’ perempuan-perempuan itu ke dalam hutan untuk dinikahi secara Islam, maksimal 4 orang. Tak pernah ada yang menolak, selalu setuju. Karena takut dan tak berdaya, tentu saja. Jadi, esensinya sama saja.
SUNGGUH ironis, bahwa sepanjang sejarahnya, upaya mendirikan Negara Islam Indonesia, senantiasa penuh kekerasan tak manusiawi dalam gelimangan darah dengan pengatasnamaan diriNya yang sesungguhnya pengasih lagi penyayang.