”Dari penekanan kata-kata tertentu dan bahasa tubuh Soeharto, Presiden Soekarno segera memahami adanya nada ancaman dalam pernyataan Soeharto itu. Maka segera Soekarno menukas bahwa soal keamanan dan ketertiban umum tetap diserahkannya kepada Soeharto. Soeharto kemudian berhasil memperoleh suatu rekaman pidato radio dari Soekarno yang menyatakan bahwa Soeharto mendapat tugas pemulihan keamanan dan ketertiban”. ”Petang itu, Soeharto meninggalkan Istana Bogor dengan satu poin keunggulan. Dengan demikian, Soeharto telah berhasil melampaui kerumitan lika-liku labirin peristiwa di awal Oktober 1965 itu. Rekaman pidato Soekarno itu kemudian disiarkan 3 Oktober pukul 01.30 dinihari melalui RRI”.

‘TAWAR menawar’ kekuasaan yang berlangsung antara Soekarno dengan Aidit, melalui Brigjen Soepardjo, adalah mengenai susunan Dewan Revolusi serta kehendak Soekarno untuk tetap mengendalikan kekuasaan negara dengan beberapa konsesi bagi Gerakan 30 September. Soekarno menghendaki dimasukkannya beberapa nama dari kabinetnya serta beberapa jenderal yang dianggapnya setia kepadanya ke dalam Dewan Revolusi yang susunan awalnya disampaikan kepadanya oleh Brigjen Soepardjo. Dan yang terpenting segala sesuatunya kembali ke dalam pengendaliannya, dan Gerakan 30 September menghentikan gerakannya cukup sampai di situ.

Aidit melihat bahwa bila kehendak Soekarno itu diturutinya, maka peranannya akan berakhir dan nasibnya serta nasib partainya akan menjadi tidak jelas. Bagi Aidit kini, terlepas dari ada tidak adanya fait accompli Sjam atas dirinya sebelum ini, masalahnya berubah menjadi ya atau tidak samasekali, masalah hidup dan mati. Maka, terhadap kehendak Soekarno, Aidit hanya bersedia kompromistis dalam hal susunan Dewan Revolusi. Dalam perubahan susunan Dewan Revolusi ia memasukkan beberapa nama yang dikehendaki Soekarno. Di antara nama-nama yang tadinya tidak ada, kemudian terdapat dalam daftar, menurut seorang perwira tinggi purnawirawan, antara lain adalah dr Johannes Leimena, Mayor Jenderal Umar Wirahadikusumah, Brigjen Solichin GP, Brigjen Andi Rivai, Nyonya Supeni. Sebaliknya, nama-nama dari kalangan Angkatan Darat yang dari semula sudah ada dalam daftar, adalah Brigjen Ryacudu, Brigjen Amirmahmud dan Mayjen Basoeki Rachmat.

Sementara itu dalam hal kendali kekuasaan, Aidit menurut Sjam Kamaruzzaman, malah menyuruh siarkan  Dekrit No.1 Dewan Revolusi, melalui RRI pada pukul 14.00 yang menegaskan bahwa sumber dari segala kekuasaan dalam negeri Republik Indonesia saat itu adalah Dewan Revolusi –tanpa menyebutkan posisi Presiden– dan bahwa sejak saat itu Kabinet Dwikora berstatus demisioner. Berselang lima menit dibacakan pula Surat Keputusan No. 1 Dewan Revolusi tentang Susunan Dewan Revolusi yang isinya mengakomodir beberapa nama yang diinginkan Soekarno, namun tak seluruh kehendak Soekarno ‘dipenuhi’. Dengan Dekrit ini, jelas bahwa Aidit telah memilih jalan berbeda dengan keinginan Soekarno, namun mengharapkan Soekarno terpaksa mengikutinya. Soekarno kemudian ternyata menjalankan sendiri apa yang menjadi keinginannya tanpa merasa perlu suatu tawar menawar lebih lanjut dengan Gerakan 30 September maupun Aidit. Sejak itu, peran Aidit yang muncul sejenak pun segera berakhir. Apalagi kemudian, Soekarno lebih terkuras perhatiannya dengan mulai munculnya ‘tekanan-tekanan’ dari Soeharto, yang dimulai dengan larangan terhadap Umar Wirahadikusumah untuk menghadap, lalu larangan yang sama terhadap Mayjen Pranoto Reksosamodra, disusul pesan yang bernada ultimatum agar meninggalkan Halim Perdanakusumah sebelum tengah malam itu.

Pukul 18.00 RRI diserbu oleh dua kompi pasukan RPKAD. Praktis tak ada perlawanan, dan prosesnya hanya berlangsung sekitar 20 menit, karena pasukan Gerakan 30 September yang dipimpin Kapten Suradi yang tadinya menguasai RRI telah terlebih dahulu meninggalkan tempat itu. Ini cukup menarik. Sama menariknya bahwa Soeharto kemudian berhasil mengajak Batalion 530 bergabung ke Kostrad, bahkan kemudian bisa menggunakan kesatuan itu untuk mengamankan Kantor Telkom dan sekitarnya di Jalan Medan Merdeka Selatan serta melucuti senjata sukarelawan-sukarelawan yang ikut dikerahkan Gerakan 30 September. Ketika pasukan RPKAD menyerbu RRI, yang tersisa di sana hanyalah sejumlah sukarelawan hasil pelatihan singkat Mayor Udara Sujono, dan itu dengan mudah dilucuti. Kolonel Sarwo Edhie sendiri bersama pasukannya sudah tiba sejak lepas tengah hari di Markas Kostrad Medan Merdeka Timur.

Dengan menguasai RRI, Soeharto bisa dengan bebas mengeluarkan sejumlah pengumuman kepada masyarakat. Yang pertama adalah rekaman pidatonya, yang disiarkan petang itu, segera setelah RRI dan Telkom diduduki. Soeharto menyampaikan bahwa tanggal 1 Oktober 1965 hari itu “telah terjadi di Jakarta suatu peristiwa yang dilakukan oleh suatu gerakan kontra revolusioner, yang menamakan dirinya Gerakan 30 September”. Bahwa mereka juga telah melakukan penculikan atas beberapa perwira tinggi Angkatan Darat. Setelah menyampaikan bahwa Presiden Soekarno ada dalam keadaan aman dan sehat walafiat, Soeharto menyatakan “Kini situasi telah dapat kita kuasai, baik di pusat maupun di daerah. Dan seluruh slagorde Angkatan Darat ada dalam keadaan kompak bersatu”. Ia lalu menegaskan bahwa “untuk sementara Pimpinan Angkatan Darat kami pegang”. Ia pun menyebutkan bahwa antara tiga pimpinan Angkatan, yakni Angkatan Darat, Angkatan Laut dan Angkatan Kepolisian terdapat saling pengertian dan bekerjasama. Angkatan Udara tidak disebutkan dalam konteks saling pengertian dan kerjasama tersebut.

Tugas berikut bagi pasukan RPKAD adalah menguasai Halim Perdanakusumah yang dijaga oleh Pasukan Gerak Tjepat (PGT) AURI. Selain itu, beberapa kompi Bn 454 ‘berkemah’ di sekitar Halim. Pelaksanaan tugas merebut Halim ini terjadi pada 02.00 dinihari 2 Oktober, tanpa melepaskan satu pun tembakan, karena PGT yang menjaga pangkalan tersebut mendapat perintah untuk tidak melawan. Sementara itu sebagian anggota Bn 454 menyerahkan diri dan yang lainnya terlebih dahulu meninggalkan tempat itu entah ke mana.

Setengah jam sebelum Halim diduduki, sebuah pesawat C47 mengudara ke Yogya membawa Menko Wakil Ketua MPRS Dipa Nusantara Aidit. “Ada permintaan, sedangkan dia adalah seorang Menteri Negara, Wakil Ketua MPRS, jadi apa salahnya saya penuhi”, Omar Dhani menjelaskan kemudian kenapa ia memberi Aidit fasilitas pesawat khusus ke Yogya itu. Dalam wawancara dengan Rum Aly untuk buku Titik Silang Jalan Kekuasaan Tahun 1966, Omar Dhani menekankan kembali alasan tersebut, karena saat itu Aidit secara formal adalah seorang Menteri/Wakil Ketua MPRS dan mengenyampingkan adanya faktor konspirasi sebagai latar belakang pemberian fasilitas tersebut kepada Aidit. Dengan penguasaan Halim Perdanakusumah, bargaining position Mayjen Soeharto menguat, khususnya terhadap Soekarno yang saat itu di mata Soeharto dan Nasution sebenarnya ada di pihak seberang. Terbukti kemudian bahwa pada keesokan harinya sekitar 11.00 Presiden Soekarno meminta Soeharto datang ke Istana Bogor. Tawar menawar kekuasaan, kini berlangsung antara Soekarno dengan Soeharto, sementara Aidit dan Gerakan 30 September telah tersisih dari percaturan.

Satu poin keunggulan di Istana Bogor. Mayjen Soeharto berangkat ke Istana Bogor dengan pengawalan sebuah panser Saladin. “Sampai di Istana Bogor kira-kira pukul dua. Saya langsung masuk ke ruangan. Nampak di sana sudah ada dr Leimena, Chairul Saleh, Pranoto, Leo Wattimena, Omar Dhani. Sabur kelihatan berjalan. Maka suasana tegang meliputi kami, maklum di sana ada Omar Dhani yang sudah sangat saya curigai”. Menurut Pranoto Reksosamodra, yang datang ke Bogor bersama Brigjen Soedirgo, selain nama-nama yang disebut Soeharto itu, sebenarnya hadir pula Brigjen Muhammad Jusuf, Mayjen Moersjid, Laksamana Madya RE Martadinata, Inspektur Jenderal Soetjipto Joedodihardjo dan beberapa orang lainnya lagi.

Mayor Jenderal Soeharto tampil cukup agresif dalam pertemuan itu. Ia menolak pembelaan Soekarno terhadap keterlibatan Omar Dhani dalam Gerakan 30 September, dan menunjukkan bukti sepucuk senjata yang dirampas dari sukarelawan di sekitar Halim dan bahwa itu adalah milik AURI. Komodor Wattimena mengakui senjata itu sebagai inventaris AURI dan mengatakan “Mungkin mereka mencurinya dari gudang”. Ketika Soekarno menyampaikan tentang keputusannya mengambil alih pimpinan Angkatan Darat dan mengangkat Pranoto sebagai pelaksana harian, dengan bahasa tubuh dan gaya bicaranya yang khas Soeharto menunjukkan penolakan, “Supaya jangan menimbulkan dualisme pimpinan dalam Angkatan Darat, saya serahkan tanggungjawab keamanan ini dan ketertiban umum pada pejabat baru”. Dari penekanan kata-kata tertentu dan bahasa tubuh Soeharto, Presiden Soekarno segera memahami adanya nada ancaman dalam pernyataan Soeharto itu. Maka segera Soekarno menukas bahwa soal keamanan dan ketertiban umum tetap diserahkannya kepada Soeharto. Soeharto kemudian berhasil memperoleh suatu rekaman pidato radio dari Soekarno yang menyatakan bahwa Soeharto mendapat tugas pemulihan keamanan dan ketertiban.

Petang itu, Soeharto meninggalkan Istana Bogor dengan satu poin keunggulan. Dengan demikian, Soeharto telah berhasil melampaui kerumitan lika-liku labirin peristiwa di awal Oktober 1965 itu. Rekaman pidato Soekarno itu kemudian disiarkan 3 Oktober pukul 01.30 dinihari melalui RRI.

Berpapasan di perbatasan Jakarta dengan Kolonel Sarwo Edhie yang siangnya juga sempat dipanggil menghadap Soekarno di Istana Bogor, Soeharto menyuruh untuk menarik pasukan RPKAD dari Halim Perdanakusumah. Dan barulah pada petang itu pula Soeharto secara khusus memerintahkan kepada Kolonel Sarwo Edhie untuk melakukan pencarian terhadap para jenderal yang diculik. Muncul suatu kebetulan, bahwa seorang anggota polisi bernama Sukitman yang mengaku ditawan oleh pasukan Gerakan 30 September, dekat rumah Brigjen DI Pandjaitan, melapor pada tanggal 3 Oktober, bahwa ia mengetahui bagaimana nasib para jenderal dan di mana tubuh mereka disembunyikan. Tanggal 4 Oktober, penggalian yang dilakukan di Lubang Buaya pada sebuah sumur tua, menemukan jenazah para jenderal dan satu perwira pertama yang ditumpuk dalam lobang itu.